Spatial Multi-Omics Analysis

조직의 위치 정보와 다양한 분자 수준(전사체, 단백질 등)의 발현 정보를 동시에 확인할 수 있는 최신 분석 방법입니다.

위치 기반 다중오믹스(spatial multi-omics)는 세포들의 분자 발현 패턴과 이들이 조직 내에서 차지하는 공간적 위치를 함께 분석하는 기술로, 단일 세포 분리나 RNA 추출 없이 조직 절편 자체를 이용할 수 있다는 장점이 있습니다. 이를 통해 단순히 유전자 발현 정보뿐 아니라 조직 구조와 세포 간 상호작용, 그리고 조직이질성(tissue heterogeneity)을 정밀하게 이해할 수 있습니다.

이 기술은 수술로 얻은 fresh frozen 조직뿐만 아니라, 임상 현장에서 가장 흔히 사용되는 FFPE(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded) 조직에도 적용할 수 있어 연구 활용 범위가 매우 넓습니다. 이미 절편화된 보관 조직에서도 실험이 가능하기 때문에, 귀중한 임상 샘플을 최대한 활용할 수 있습니다.

Spatial Multi-Omics Analysis 소개이미지

마크로젠은 10x Genomics와 Bruker 등 글로벌 선도 기업들의 최신 플랫폼(Visium, Xenium, CosMX, GeoMX 등)을 활용하여 공간 다중오믹스 서비스를 제공합니다. 특히 국내 1위이자 세계 5위 수준의 차세대염기서열분석(Next Generation Sequencing, NGS) 역량과 더불어, 최신 in situ 기반 공간 분석 기술까지 도입하여, 연구 목적에 최적화된 고품질 데이터를 빠른 시간 내에 제공합니다. 마크로젠은 기술 도입과 서비스 확장을 선도함으로써 공간 다중오믹스 분석 분야에서 연구자들에게 최적의 파트너가 되고 있습니다.

Spatial Multi-Omics Analysis
NGS-based Spatial Omics
  • Visium (10x Genomics)
  • GeoMx® DSP (Bruker)
In situ-based Spatial Omics
  • Xenium (10x Genomics)
  • CosMx ® SMI (Bruker)

PLATFORM

NGS-based Spatial omics

In situ-based Spatial omics

Visium Spatial

Uncover the whole transcriptome with spatial context

Visium : Sample Preparation

FF
(Fresh Frozen)
FFPE
(Formalin Fixed Paraffin Embedded)
Sectioned slide
Sample type OCT (compound) block Paraffin block FF / FFPE
Section Thickness 10 μm 5 μm FF 10µm / FFPE 5µm
RNA Quality RIN ≥ 7 DV200 ≥ 50% FF RIN ≥ 4 / FFPE DV200 ≥ 30%
Species Any organism (poly A tail) Only Human, Mouse Only Human, Mouse
Quality Check Process
  • Visium-FF : Section (Cryotome) - RNA QC & ROI* check - Tissue optimization test
  • Visium-FFPE : Section (Microtome) - RNA QC & ROI check - Tissue adhesion test
  • Visium CytAssist : RNA QC & ROI check - no tissue optimization, tissue adhesion test

*ROI : Region of interest

GeoMx® DSP

Discover Where Biology Happens

Platform GeoMx® Digital Spatial Profiler
Sample FFPE Block (보관 기한: 3년 / 35.3mm x 14.1 mm x 4-6 µm / Core Needle Biopsy 가능)
Fresh Frozen Tissue (6개월 이내 Cutting, -80°C 보관 / 35.3mm x 14.1 mm x 4-6 µm )
Panel Human Whole Transcriptome Atlas (hWTA)

Xenium In Situ

High-plex in situ from the single cell leader

Platform Xenium In Situ Analyzer
TAT 6주
검체 타입 FFPE, Fresh Frozen Tissue
RNA & Protein Assay Human Breast Gene Expression Panel (280 genes + Customize up to 100 genes)
Extensive panel roadmap (Human Brain, Lung, Skin, Kidney, Pancreas 등)
다양한 RNA Target별 분석 가능
Xenium in-situ gene expression panels
Prime 5K Human pan tissue and pathways (5001 genes) Add on
up to 100
genes
Mouse pan tissue and pathways (5006 genes)
Xenium v1 Human immuno-oncology (380 genes)
Human breast (280 genes)
Human lung (289 genes)
Human brain (266 genes)
Human multi-tissue & cancer (377 genes)
Human colon (322 genes)
Human skin (260 genes)
Mouse brain (248 genes)
Mouse multi-tissue (379 genes)

CosMx™ SMI

The First Fully-Integrated Single-Cell Spatial Biology Solution with the highest plex, multiomic capability and high resolution

Platform CosMx™ Spatial Molecular Imager
TAT 고객과 실험 디자인 협의 완료 후 5주 (협의 조절 가능)
검체 타입 FFPE Block (보관 기한: 3년 / 35.3mm x 14.1 mm x 4-6 µm / Core Needle Biopsy 가능)
Fresh Frozen Tissue (6개월 이내 Cutting, -80°C 보관 / 35.3mm x 14.1 mm x 4-6 µm )
TMA(Tissue MicroArray) Organoid Spheroids

※ 주문 시 상담 확인

RNA & Protein Assay CosMx™ Human Universal Cell Characterization Panel (RNA, 1000 Plex)
CosMx™ Human Immuno-oncology Panel (RNA, 100 Plex)
CosMx™ Human Immuno-oncology Panel (Protein, 64 Plex)
그 외 Panel Assay에 대해 별도 문의 바랍니다. (Panel 종류는 지속적으로 Update됩니다. 주문 시 상담 바랍니다.)
한번에 Section된 조직으로 RNA와 Protein 동시 분석이 가능합니다.
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