마이크로바이옴 분석 서비스

Metagenomics service란?

다양한 환경에 존재하는 유전체 집합을 한 번에 시퀀싱하여, 환경 내 서식하는 생물 종의 다양성을 확인할 수 있는 군집유전체 분석 서비스 입니다.

분변, 토양, 해수, 식품 뿐만 아니라 다양한 인체 유래물과 임상 시료 등 여러 유전체가 섞여있는 상태인 시료 내에 특정 분류군이 어떤 종으로 구성되고 어떻게 분포하고 있는지 알 수 있으며 이들의 상호작용과 기능까지 확인할 수 있습니다. 다양한 환경에 존재하는 미생물 군집(Microbial community)을 확인하는 방법으로 활용되며 주로 박테리아, 사상균, 효모(Fungi)의 다양성 및 분포도에 대한 분석을 할 수 있습니다. 이외에도 마커 유전자를 타겟하는 동일한 원리를 사용하여 진핵생물(Eukaryote) 에 대한 분석도 가능 합니다.

마크로젠은 다양한 최신 장비를 사용한 NGS기술과 바이오인포매틱스(Bioinformatics) 전문팀을 통하여 고객의 연구 목적과 요청에 맞는 결과물을 제공해 드리고 있으며 특히, Metagenomics 분석만을 전담하는 인력을 보유하고 있어 고객분들 맞춤형 결과 제공이 가능합니다.

마이크로바이옴이란?

마이크로바이옴(microbiome)은 미생물(microbe)과 생태계(biome)의 합성어로, 인체, 토양, 바다 등 다양한 환경에 존재하는 미생물과 그 유전체정보를 일컫는 말입니다. 특히 인체 마이크로바이옴은 우리 몸속에 공존하는 미생물과 그들의 유전 정보를 의미하며, 장내 미생물 연구가 활발히 진행되고 있습니다.
이러한 미생물 군집의 유전체 정보를 분석하는 연구 분야 또는 그 분석 결과를 메타지놈(Metagenome)이라고 합니다.

OUR METAGENOMICS SERVICE

다양한 환경에 존재하는 유전체 집합을 한 번에 시퀀싱하여, 환경 내 서식하는 생물 종의 다양성을 확인할 수 있는 군집 유전체 분석 서비스 입니다.
분변, 토양, 해수, 식품 뿐만 아니라 다양한 인체 유래물과 임상 시료 등 여러 유전체가 섞여있는 상태인 시료 내에 특정 분류군이 어떤 종으로 구성되고 어떻게 분포하고 있는지 알 수 있으며 이들의 상호작용과 기능까지 확인할 수 있습니다. 다양한 환경에 존재하는 미생물 군집(Microbial community)을 확인하는 방법으로 활용되며 주로 박테리아, 사상균, 효모(Fungi)의 다양성 및 분포도에 대한 분석을 할 수 있습니다. 이외에도 마커 유전자를 타겟하는 동일한 원리를 사용하여 진핵생물(Eukaryote) 에 대한 분석도 가능 합니다.
마크로젠은 다양한 최신 장비를 사용한 NGS기술과 바이오인포매틱스(Bioinformatics) 전문팀을 통하여 고객의 연구 목적과 요청에 맞는 결과물을 제공해 드리고 있으며 특히, Metagenomics 분석만을 전담하는 인력을 보유하고 있어 고객분들의맞춤형 결과 제공이 가능합니다.

서비스문의 견적의뢰 주문하기

Metagenome Amplicon Sequencing

16S rRNA나 ITS gene 등 마커 유전자의 특정 영역을 증폭하여 Amplicon library제작 후 Sequencing을 통한 분포도 및 다양성 분석을 수행 합니다.
마커 유전자를 타겟하는 동일한 원리를 사용하여 진핵생물(Eukaryote)에 대한 분석도 가능 합니다. 마크로젠은 바이오인포매틱스(Bioinformatics) 전문 인력이 직접 분석을 수행하며, ASV 분석을 통한 높은 정확도 및 재현성이 보장되는 Taxonomic assignment 및 Diversity 분석이 가능하며 통계 분석 및 트렌드에 맞는 Advanced 분석도 가능합니다.

Sequencing Platform

16S rRNA V3-V4 Regions, 18S rRNA, ITS Regions, Customized regions → Illumina MiSeq i100 / Miseq
16S rRNA Full length → PacBio Revio

Service Process

BI Analysis

Work flow

Taxonomic analysis

Alpha Diversity

Beta diversity

서비스문의 견적의뢰 주문하기

Metagenome Shotgun Sequencing

Meta 시료의 전체 유전자를 분석함으로써 Taxonomic assignment 및 Diversity 결과 뿐만 아니라 Functional Analysis까지 가능한 분석 방법 입니다. 샘플 내에 어떤 미생물들이 포함되어 있는지 뿐만 아니라 어떠한 역할을 하는지 기능까지 확인할 수 있습니다.
마크로젠의 Metagenome Shotgun Sequencing은 Short read mapping기반과 Long read Assembly(MAGs)기반의 서비스 모두 제공하고 있습니다. 마크로젠은 바이오인포매틱스(Bioinformatics) 전문 인력이 직접 분석을 수행하며 다양한 연구 목적에 맞게 최적의 분석 기법을 제안해드리고 있습니다.

Sequencing Platform

Short read based : Illumina NovaSeq X Plus / NovaSeq 6000
Long read based : PacBio Revio

Service Process

BI Analysis

Work flow

Taxonomic analysis

  • Alpha Diversity

  • Beta Diversity

Functional Annotation

Genome analysis

Taxonomic analysis

Alpha Diversity

Taxonomic analysis

Functional Annotation

서비스문의 견적의뢰 주문하기

Metagenome Transcriptome Sequencing

Meta 시료에서 RNA 추출을 통하여 유전자의 발현을 관찰하는 목적으로 Metagenome Transcriptome Sequencing 서비스를 지원합니다.

Sequencing Platform

Illumina NovaSeq X Plus / NovaSeq 6000

Service Process

BI Analysis

준비중입니다.

서비스문의 견적의뢰 주문하기

Customized BI

마크로젠의 Metagenomics service는 다양한 Custom 분석 서비스를 제공하고 있습니다. Metagenomics만 전문적으로 담당하는 인력들로 구성되어 연구 설계 단계부터 상담을 통해 연구 주제 맞춤 서비스를 제안하고 오랜 Metagenomics service 경험을 기반으로 다양한 시료에 대한 노하우를 공유 드립니다.
기본 분석 결과 제공 이후 다양한 추가 분석 수행이 가능하며 분석에 대해 경험이 적거나 없으신 분들도 접근하실 수 있도록 분석 미팅을 통해 직접 소통하실 수 있습니다.

Core Competencies
다양한 APPLICATION 및 SERVICE 제공

  • NGS
    SERVICE

  • CES
    SERVICE

  • DTC
    SERVICE

다양한 SAMPLE TYPE 경험

다양한 샘플에 대한
높은 이해도와 숙련도 보유

SEQUENCING 품질 보장

  • 자체 모니터링
    시스템

  • 연 2회
    내부 검토

  • 모든 DATA
    SPEC 관리

Analysis Report

Comparative analysis - Diversity

  • 그룹 간 미생물 군집 다양성을 비교하는 분석입니다.
    두 개 이상의 집단에서 나타나는 커뮤니티의 차이를 파악하기 위해 여러 다양성 지표 (α-diversity, β-diversity)를 활용하여 통계적 유의성을 확인합니다.

    Analysis Services
    • 그룹 통계 분석 (Kruskal-wallis, Wilcoxon test 등)
    • 그룹 간 유사성 분석 (ANOSIM, PERMANOVA 등)

Comparative analysis - Taxonomy

  • 그룹 간 미생물 조성을 비교하는 분석입니다.
    그룹에 따라 차이 나는 미생물 목록을 확인할 수 있습니다.
    각 집단에서 특이적으로 확인되는 미생물 또는 abundance의 차이가 두드러지는 특정 종을 확인하기 위해 통계분석 및 다양한 시각화 분석 활용합니다

    Analysis Services
    • 그룹 통계 분석 (Kruskal-wallis, Wilcoxon test 등)
    • Venn diagram
    • Group bar plot, Heatmap
    • PAM clustering

Biomarker identification

  • 어떤 미생물이 그룹 간 차이에 유의한 영향을 주는 지 확인하는 분석입니다.
    그룹 간 차이에 기여할 가능성이 높은 미생물 마커 후보군을 선별할 수 있는 장점이 있습니다.

    Analysis Services
    • LEfSe
    • Random Forest

Functional prediction

  • 미생물 군집이 관여하는 생물학적 기능을 예측하는 분석입니다.
    통계분석과 연계하여 그룹 간 유의한 차이를 보이는 생물학적 기능을 선별할 수 있습니다.

    Analysis Services
    • PIRCUSt2(MetaCyc, KEGG)

Co-occurrence analysis

  • 특정 환경에서 상호작용하는 미생물 모듈을 확인하기 위한 분석입니다.
    상관분석을 기반으로 한 네트워크의 시각화 표현이 가능하며, 네트워크 특성 값을 기반으로 군집의 특징을 유추해볼 수 있습니다.

    Analysis Services
    • 상관분석 (Correlation)
    • Network

Environmental factor analysis

  • 상관분석을 통해 환경요인에 연루되어 증감하는 미생물을 확인하거나,
    미생물 조성에 주요하게 관여하는 환경요인을 확인하는 분석입니다

    Analysis Services
    • 상관분석 (Correlation)
    • CCA
    • Mantel test
서비스문의 견적의뢰 주문하기
TOP